有數據表明，近20年來學生體質健康呈逐漸下降趨勢，尤其是耐力素質方面下降較多，在清華學生身上也有所體現。以全校學生長跑成績的變化為例，從2003年開始，連續6年清華學生的長跑成績總體上呈下降趨勢，考慮到現代大學生們受到網絡等因素影響，鍛煉時間嚴重減少，每周一次的體育課上長跑鍛煉無法達到提高學生身體素質的要求。2008年，清華大學結合自身的優良傳統，在大一和大二年級學生中嘗試開展“陽光長跑”活動，要求學生每周除上一次體育課外，還要在下午4點以後至少參加2次課外鍛煉，每次男生完成 3000m跑、女生完成2000m跑。
八十年代清華學生在圓明園跑步
課外長跑鍛煉和課上長跑測試共同占到瞭體育課分數的30%，保證大一和大二學生每周有 2～ 3 次長跑鍛煉。1年後，清華學生的長跑成績止跌反彈，開始逐漸回升，其中女生更是有逐年提高的趨勢，陽光長跑活動取得瞭明顯的成效。經過近幾年的不斷完善，“陽光長跑”活動方案不斷細化，更加貼近學生實際情況，鍛煉要求更加人性化、科學化，較好地滿足瞭學生的鍛煉需求。至今，清華 1～3 年級本科生都要參加體育課上的長跑考核，一、二年級學生全年都要按要求參加“陽光長跑”。
2010年，由於部分學校在長跑比賽中發生意外情況，清華也曾經考慮取消3000米和1500米測試，改為教育部統一規定的1000米和800米。但消息傳出後遭到瞭很多在校師生甚至校友的強烈反對，清華學生體育課上測3000米和1500米的傳統也得以堅持。為此中央電視臺在2012年對清華的長跑傳統專門進行瞭報道和宣傳。
近年來，“北馬”限制參賽人數，2014年清華隻有兩百多人成功報名。為瞭滿足同學們參加比賽的願望，清華決定從2015起舉辦校園馬拉松賽，並成為“校慶月”的特色活動之一。“清馬”至今已成功舉辦5屆，每次都吸引超過3000名清華師生校友參賽。校園馬拉松，作為延續清華體育傳統和體育精神的新生事物，在春天的清華園裡將會散發出更強大的生命力。
男生3000米
一系列舉措，促使清華學生的身體素質提高十分明顯。通過對參加清華自主招生體質測試後進入清華的2012級學生進行跟蹤測試，結果顯示：《國傢學生體質健康標準》得分由高三臨畢業時的平均57.5分提高到大一時的67.5分、大二時的71.8分。優良率從高三時的8.4% 提高到大一時的31.5% 、大二時的39.3%，這些學生在進入大學階段以後體質狀況明顯得到改善。據另一項跟蹤測試結果表明，臺階運動試驗測試良好率從入學前的10.2%到入學半年後上升為36.8%、入學一年半即大二上學期結束時優良率達到45.5%，表明學生的耐力素質明顯提高，說明長跑起到瞭重要效果，在學生體質提高方面發揮瞭非常重要的作用。2017年，在大一男生3000m測試中，共306人獲得滿分（跑進12分20秒），占總人數的百分之12.5%。
